市审计局对资阳市水务投资有限责任公司开展了审计，主要发现以下问题：

一是争议问题长期未得到处理。毗河供水一期工程与中国电力建设股份有限公司尚存在争议事项22项，争议问题金额15.77亿元。二是项目存在严重超概算。毗河供水一期工程项目初步设计概算批复总投资为66.35亿元，实际投资已超80亿元。三是自定定额报销差旅费和施工现场津贴。四是存在超限额使用现金43万元、公司职工14人借公款57.13万元未及时清理归还、公司监事会未履行职责等问题。